پس از آن که هیأت امنای دانشگاه پهلوی (دانشگاه شیراز) پیشنهاد وزیر علوم مبنی بر انتخاب هوشنگ نهاوندی به ریاست این دانشگاه را پذیرفت، شاه بنا به پیشنهاد عَلَم وزیر دربار و به موجب دستخط شماره 6255 تاریخ 47/9/11 نهاوندی را به ریاست دانشگاه پهلوی منصوب کرد. سیاستهای نهاوندی در دانشگاه پهلوی باعث شد تا ساواک در گزارشی بنویسد:
«با روشی که آقای دکتر نهاوندی و معاونینش پیش گرفتهاند، دانشجویان از آنان برگشته و کم کم دارند همه با هم علیه آنان متفق میشوند.»
در همین زمان انتشار کتاب اسماعیل رائین (فراموشخانه یا تاریخ فراماسونری در ایران 3 جلدی) عضویت هوشنگ نهاوندی در فراماسونری را مورد اشاره قرار داد (سند الحاق دکتر هوشنگ نهاوندی به لژ ژاندارک شماره 21 ل.ب. ایران در ادامه این متن آمده است. همچنین نهاوندی با فراماسونهای لژ شیراز [شعبه لژ روشنایی] و لژهای مشعل و فارابی رابطه داشت) زمزمههایی مبنی بر بهائی بودن نهاوندی نیز در محیطهای دانشگاهی به گوش میرسید. به نظر میآید که طیفهای مذهبی دانشگاه به ویژه انجمن مذهبی دانشگاه پهلوی در دوره مدیریت نهاوندی محدودیتهای خاصی را متحمل میشدند. (کتاب رجال عصر پهلوی؛ هوشنگ نهاوندی به روایت اسناد ساواک، مرکز بررسی اسناد تاریخی، 1384، دارای اسناد متعددی درباره لژهای فراماسونری در ایران است که شایسته بررسی بیشتر و مستعد یک پژوهش جدی درباره فراماسونری در ایران است.)